Soeben hatte mein MySQL-Server auf einem Root-Server ein Problem und wollte nicht mehr starten:
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Die Lösung war einfach:
Editiere /var/lib/mysql/mysql-bin.index
und Lösche alle Zeilen raus, die leer oder ohne einen Binlog-Eintrag sind. Prüfe zudem, ob alle verbleibenden Einträge auf dem Filesystem zu finden sind.
Wie ist das entstanden? Der MySQL-Server ist gecrashed, was zu diesen Einträgen geführt hat. Es kann auch entstehen, wenn der MySQL-Server umzieht, wie es hier im Bugreport auf MySQL.com der Fall war.